自體干細胞是來自同一患者的細胞，同種異體干細胞是捐贈的細胞（臍帶血、羊膜、胎盤或牙髓) 而不是來自患者自己。

對于大多數(shù)退行性疾病，自體細胞不如增強的同種異體細胞有效。來自脂肪組織和骨髓的細胞是優(yōu)勢，因為它們具有免疫特權(quán)，但同種異體間充質(zhì)細胞也可以逃避受體免疫系統(tǒng)，因為這些細胞不表達MHCII類受體并且表達非常低水平的I類MHC受體。

自體脂肪干細胞和內(nèi)皮祖細胞的問題在于它們很弱并且容易受到正常年齡和/或疾病相關(guān)變化的影響，并且在骨髓（產(chǎn)生它們的地方）中迅速減少。盡管我們能夠區(qū)分、培養(yǎng)和保存較舊的間充質(zhì)細胞，但與新鮮的同種異體細胞相比，它們通常要弱得多。

來自年輕患者的間充質(zhì)干細胞比來自老年患者的自體“脂肪”或骨髓細胞具有更大的再生能力。自體干細胞在不能使用同種異體“捐贈”細胞的美容干細胞治療中仍然發(fā)揮著至關(guān)重要的作用。

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